Япония, 1614 година. Шогунът е издал указ за изгонването на всички католически мисионери. Но въпреки гоненията християнството продължава тайното си съществуване. В същото време в Рим, в средите на Римокатолическата църква, се разнася мълва, че Крищовау Ферейра, високоуважаван мисионер в Япония, се е отрекъл от вярата си. Трима млади португалски свещеници заминават за Страната на изгряващото слънце, за да установят истината за учителя си, както и за да продължат разпространяването на християнството по тези далечни земи.В „Мълчание“ Шюсаку Ендо осветлява една слабо позната част от историята на своята страна. Описаните събития дават храна за размисъл върху универсалния характер на религиите и дълбокия смисъл на християнското милосърдие, като разкриват сложните отношения между Япония и Запада.